Очень важно: прежде чем приступать к созданию PDF, убедитесь что макет сделан в правильном цветовом пространстве, т.е. цвета соответствуют CMYK или Pantone и цветоделение растровых изображений сделано с правильными настройками Color management... (меню Tools) и правильными профайлами. Иначе результат может быть очень плачевным и виноваты в этом будете только Вы сами

• Чтобы сохранить документ в формате PDF, выберете меню File->Publish to PDF... Далее используем кнопку Settings, чтобы выставить необходимые настройки
• На вкладке General выбираем Compatible - PDF/X-1a
• На вкладке Обьекты ставим галочку Экспортировать весь текст как кривые, это позволит сконвертировать при сохранении в PDF все текстовые обьекты в кривые и избежать в дальнейшем проблем со шрифтами. Также проверяем, чтобы разрешение при Субдискридитация изображения было не менее 300 dpi
• На вкладке Prepress обязательно выставляем Bleed limit - 3мм, иначе блиды не будут присутствовать в PDF несмотря на то, что они есть в макете
• На вкладке Advanced ставим галочку Convert spot colors to process, это позволит при сохранении в PDF конвертировать все цвета в макете в CMYK. Эта опция должны быть выключена если вы специально хотите исользовть иные краски, чем CMYK. Такжже проверяем чтобы все обьекты сохранялись как CMYK
• Далее жмем ОК и наш PDF готов.

Чтобы каждый раз не выставлять все настройки вы можете сохранить их в какчестве стиля, например "типография CMYK" и выбирать из списка в дальнейшем